Beaucoup de Templiers eurent néanmoins la vie sauve lors de ce sinistre Vendredi 13 Octobre 1307, et ils furent même autorisés à reformer l’Ordre sous un nom différent, alors que tous leurs biens avaient été confisqués.
Deux pays offrirent asile aux chevaliers en fuite : l’ÉCOSSE et le PORTUGAL, et dans ce dernier, ils prirent le nom de « Chevaliers du Christ ».
L’Ordre du Temple était en fait composé de 7 cercles « extérieurs », consacrés aux petits mystères, et de 3 cercles « intérieurs », correspondant à l’initiation aux grands mystères. Le « noyau », lui, rassemblait les 70 Templiers interrogés par CLEMENT V, après les arrestations de 1307. Ce qui fait dire que le Pape avait certainement infiltré le noyau dur et secret des Templiers, sinon la coordination des inquisiteurs n’aurait pas pu être possible.
Un groupe intérieur pouvait demeurer occulte parce que les Templiers formaient essentiellement une école de mystères, reposant sur l’initiation. La plupart des Chevaliers du Temple n’étaient que de simples soldats chrétiens, alors que le cercle intérieur favorisait l’étude active de sujets ésotériques et religieux. Ils cherchaient les secrets de l’univers et eurent accès à une sagesse traditionnelle fort ancienne.
Ce mode de fonctionnement protégeait les véritables dirigeants de l’Ordre, car les Templiers des cercles inférieurs ne connaissaient pas les secrets des cercles supérieurs, un peu comme en maçonnerie où le mystère est souvent savamment entretenu entre les différents niveaux de la hiérarchie.
Certains, comme le Trésorier de l’Ordre, glissèrent à travers les mailles du filet, comme s’ils avaient bénéficié de complicités. Même la célèbre flotte Templière disparut et ne fut pas mentionnée lors des confiscations infligées par le Roi de France. Sans doute existait-il un complot prévu par le Pape et certains Templiers, afin d’éviter les débordements de l’Ordre et le rendre clandestin. Il n’existe à ce jour aucune trace de ces éventuels accords secrets, sauf peut-être dans les archives du Vatican.
Le mouvement Templier ne s’est pas éteint et certains Chevaliers ont réussi à fuir, notamment en Grand Bretagne. En Angleterre, par exemple, EDOUARD II refusa de croire les Templiers coupables des crimes dont on les accusait, s’engageant même dans un débat fiévreux avec le Pape et s’opposant à l’emploi de la torture.
En Allemagne, HUGO DE GUMBACH, Maître Templier, fit une entrée spectaculaire au Concile ouvert par l’Archevêque de Metz. Revêtu de son armure et accompagné de 20 Chevaliers triés sur le volet, il déclara que le Pape était un suppôt de Satan et qu’il devait être déposé. Il déclara que ses hommes étaient prêts à se soumettre à la justice divine en combattant l’ensemble des participants au Concile. Les charges furent abandonnées et les Chevaliers allèrent clamer partout leur innocence.
En Aragon et en Castille, les Archevêques qui présidaient le procès des Templiers, les ont déclaré innocents en 1312, malgré les ordres du Pape quant à la dissolution de l’Ordre. En France, peu d’entre eux furent exécutés et la plupart furent libérés après avoir abjuré. Ils reformèrent l’Ordre dans d’autres pays et certains rejoignirent les Ordres existants, comme les « Chevaliers Teutoniques ». La plupart de leurs terres furent distribuées à leurs rivaux les « Chevaliers Hospitaliers ». En Ecosse et en Angleterre, les propriétés templières restèrent aux mains des mêmes familles jusqu’en 1650.